Όργανα του Τμήματος σύμφωνα με το νόμο περί Α.Ε.Ι. είναι: α) η Συνέλευση του Τμήματος, β) το Διοικητικό Συμβούλιο και γ) ο Πρόεδρος του Τμήματος:
Ο Πρόεδρος ή Αναπληρωτής Πρόεδρος του Τμήματος εκλέγεται πλήρους απασχόλησης μέλος Δ.Ε.Π. πρώτης βαθμίδας ή της βαθμίδας του αναπληρωτή του οικείου Τμήματος για θητεία δύο (2) ετών από το σύνολο των μελών Δ.Ε.Π. του οικείου Τμήματος και από το σύνολο των μελών Ε.Ε.Π., Ε.ΔΙ.Π. και Ε.Τ.Ε.Π. του οικείου Τμήματος. Η ψηφοφορία είναι άμεση, μυστική και διεξάγεται με κάλπη.
Η Συνέλευση του Τμήματος, το Διοικητικό Συμβούλιο και ο Πρόεδρος του Τμήματος έχουν το σύνολο των αρμοδιοτήτων που τους απονέμουν, αντίστοιχα, οι διατάξεις του Νόμου 4485/2017 (ιδίως τα άρθρα 21-23)
Η Συνέλευση του Τμήματος αποτελείται από: τα μέλη Δ.Ε.Π. του Τμήματος, τον Πρόεδρο και τον Αναπληρωτή Πρόεδρο του Τμήματος (και, εφόσον υπάρχουν Τομείς, από τους Διευθυντές των Τομέων), τους εκπροσώπους των φοιτητών σε ποσοστό 15% του συνόλου των μελών της Συνέλευσης του Τμήματος και τρεις εκπροσώπους, έναν ανά κατηγορία από τα μέλη Ε.Ε.Π., Ε.ΔΙ.Π. και Ε.Τ.Ε.Π. του Τμήματος.
Οι εκπρόσωποι των μελών του Ειδικού Εκπαιδευτικού Προσωπικού (ΕΕΠ), του Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (ΕΔΙΠ) και του Ειδικού Τεχνικού Εργαστηριακού Προσωπικού (ΕΤΕΠ) εκλέγονται μαζί με τους αναπληρωτές τους, για ετήσια θητεία, με δυνατότητα επανεκλογής, από ενιαίο ψηφοδέλτιο ανά κατηγορία, με άμεση, μυστική και καθολική ψηφοφορία όλων των μελών της οικείας κατηγορίας προσωπικού του Τμήματος. Για την εκπροσώπηση των φοιτητών εφαρμόζεται αναλογικά το άρθρο 21 του Νόμου 4485/2017.