Το 1904 η Σχολή των Τεχνών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών διασπάστηκε σε δύο επιμέρους Σχολές: τη Σχολή Τεχνών και αυτή των Επιστημών. Στη Σχολή Επιστημών συμπεριλαμβάνονταν αρχικά οι Σχολές Μαθηματικών, Φαρμακευτικής και Φυσικής, ενώ το 1911 προστέθηκε σε αυτές και η Σχολή Οδοντιατρικής. Το 1919 συστάθηκε το τμήμα Χημείας και τρία χρόνια αργότερα, το 1922, η Σχολή Φαρμακευτικής μετέπεσε σε αυτόνομο τμήμα.
Κατά τη δεκαετία του 1960 έγιναν οι πρώτες ενέργειες με σκοπό την μετεγκατάσταση του πανεπιστημίου και τη συγκέντρωση των δραστηριοτήτων του σε ενιαίο χώρο (Πανεπιστημιούπολη) στη (σημερινή) πυκνοκατοικημένη περιοχή του Ζωγράφου.
Σήμερα στην Πανεπιστημιούπολη βρίσκεται η Φιλοσοφική και Θεολογική Σχολή, η Σχολή Θετικών Επιστημών και οι τέσσερις Φοιτητικές Εστίες.